为了加强基础性科学研究和教学人才的培养，从1991年至1996年，教育部（原国家教委）有计划、有步骤地分四批在全国部分高校建立了数学、物理学、生物学、化学等14种专业学科的83个“国家基础理论科学研究和教学人才培养基地”（简称“理科基地”），其中包括了19个国家生物学理科基地。1996年10月，中国农业大学获准建立化学、生物学两个国家理科基地，生物学基地主要依托生物学院进行建设。

    基地的教学计划分为基础段 (数学、物理、化学、计算机应用等课程）；专业基础段（植物生物学、动物生物学、微生物生物学、遗传学、生物化学、细胞生物学、分子生物学、生物信息学等课程 ），专业段(植物生理学、动物生理学、微生物遗传学、基因工程、蛋白质工程、发酵工程、动物克隆与转基因技术，大量的实验课程如基因实验操作技术、生物化学实验技术等）以及科研训练、农事实习等多个教学环节，目的在于培养知识面宽广、基础扎实以及科研能力较强的生物学科研和教学人才。

    经过近八年的建设，生物学院已经形成了一整套针对基地学生的管理、教学以及科研训练办法。在基地学生管理方面采用“滚动制”，即从第二学年初开始每年综合成绩在生物学院年级前60名的同学进入基地班，同时在大三下半学年增加一次滚动，增强学生竞争意识，强化科学知识的学习和综合素质的培养。此外，从2002年起，学院开展了以理科基地学生为主的URP计划（ Undergraduate Research Program），鼓励基地同学尽早进入实验室。此项计划在培养学生创新意识、训练学生的综合科研技能和协作能力方面，起到了良好的促进作用。

    到2004年6月止，已有240名同学从基地班毕业，其中近60%被保送了硕士生或硕博连读生，90%以上都进入了本校或外校（科研单位）研究生部继续深造。

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